Dalle "Poesie" all’esilio (1803-1815)

Nel contempo Foscolo continuava il suo impegno politico scrivendo una "Orazione a Bonaparte" pubblicata nel gennaio 1802, per il Congresso di Lione, durante il quale la Repubblica Cisalpina fu chiamata Italiana ed ebbe come presidente il Buonaparte. A questi anni risale pure la traduzione della "Chioma di Berenice", confermando la sua attenzione per la cultura classica. Nel 1803 il Foscolo raccolse, dedicandoli al Niccolini, i suoi versi, rifiutando tutti gli altri precedentemente divulgati e realizzando tre edizioni di cui l'ultima, la più ricca, intitolata "Poesie", comprendente 12 sonetti più l'ode alla Pallavicini, e l'altra "All'amica risanata".
Dopo aver ricevuto diversi rifiuti per impieghi come segretario di legazione, prese parte alla spedizione che il Bonaparte preparava contro l'Inghilterra: solo nell'aprile del 1804 il Foscolo partì, confinato a Valenciennes, al comando delle reclute e degli invalidi, giacché alcune sue inimicizie nell’ambiente gli stavano procurando non poche difficoltà: ogni speranza di avanzamento era finita. A Valenciennes il Foscolo conobbe Fanny Emeryth, da cui ebbe una figlia, Floriana. 
Ma poco più in là l'imperatore sospese l'impresa contro l'Inghilterra, volendo prepararsi alla campagna contro l'Austria, del 1805, e il Foscolo fu destinato a Boulogne, dove tradusse il "Viaggio sentimentale" di Sterne, apponendovi un’appendice che tramite un alter ego, ritraeva il suo nuovo atteggiamento e credo filosofico- morale, ovvero la "Notizia di Didimo Chierico. 
Nel gennaio 1806, passando da Parigi dove ritrovò il giovane Manzoni, già conosciuto a Milano che lo accolse con freddezza,  ritornò a Venezia, rivedendo la madre, la sorella, l'Isabella Albrizzi Teotochi. A Verona rivide il Pindemonte, che gli lesse saggi della versione dell'Odissea, e forse anche il primo canto di un suo poema sui Cimiteri, che stimolarono la composizione dei Sepolcri foscoliani. 
A seguito della dispensa dagli obblighi militari, ricevuta dal generale Caffarelli, Foscolo potè dedicarsi alla composizione, e alla ripresa della traduzione dell'Iliade. Nell’aprile del 1807 pubblicò i "Sepolcri" e l'"Esperimento di traduzione dell'Iliade", contenente una lettera dedicatoria al Monti. Specie tra i giovani, i Sepolcri destarono un'eco di universale ammirazione, seppur con alcune eccezioni come Guillon, ex-prete francese, che criticò la profonda italianità dell’opera.
Nel 1808 ottenne la cattedra di eloquenza all'università di Pavia, in cui egli intendeva rivedere l’analisi del prodotto letterario, ricondotto alla sua origine psicologica, alla sua ragione di essere politica e sociale: ma presto la cattedra fu soppressa. Ridotto a vivere a Milano in due stanzucce, ottenne un umile ufficio, e in tale miseria lo colpirono i suoi nemici, fra i quali il Monti a causa di una mancata lode della Palingenesi, e Lampredi per le critiche di Foscolo nei confronti dei lavori di traduzione dell’Odissea di molti letterati: proprio contro questi due il Foscolo compose la violenta satira dell'"Ipercalissi".
S’impegnò dunque nella scrittura dell'"Ajace", rappresentata alla Scala nel 1811, che fu però preda delle ostilità dei suoi nemici, e a Venezia fu anche censurata per le allusioni a Napoleone.
Ma l'ambiente fiorentino fu favorevole quanto mai alla produzione del poeta, il quale riprese e rielaborò il "Viaggio sentimentale" di Sterne nel 1813, lavorò alla "Ricciarda", rappresentata a Bologna nel 1813, e verseggiò il carme delle "Grazie". 
La rotta di Lipsia (1814) significava la dissoluzione di quel regno d'Italia, che al Foscolo pareva ormai regno italiano: tornò dunque a Milano, al fine di combattere per la patria. Dopo l'abdicazione dell'Imperatore, il Foscolo caldeggiò il partito che voleva l'indipendenza del Regno e il Beauharnais re d'Italia. Ma gli Austriaci ritornarono e il Foscolo, rappresentato come eccitatore della pubblica tranquillità, decise di dedicarsi esclusivamente alla letteratura convinto che l'Italia, inerme, non poteva più nulla. Perciò rifiutò persino un’importante proposta di fondare un periodico filo- austriaco, partendo nascostamente il 30 marzo 1815 da Milano per l'esilio, dal quale non sarebbe più tornato. Girovagò per la Svizzera, a Lugano, a Roveredo nei Grigioni, a Coira, a San Gallo, a Zurigo: conduceva una vita poverissima, ma era aiutato da Quirina Moncetti, conosciuta nel 1813, da lui chiamata nelle sue lettere Donna gentile. Ma in quei primi tempi dell'amarissimo esilio, l'anima del Foscolo s'inacerbì: riprese e ampliò il "Didimi clerici prophetae minimi Hypercalypseos liber singularis", una satira, o libello, in versetti biblici, sulla maniera dell'Apocalisse divisa in diciannove capitoli dal contenuto alquanto criptico.